根据我国现行的《商标法》第三条规定，我国目前的商标种类依据商标所有权人与使用人的不同分为：商品商标、服务商标、集体商标、证明商标。
下文分商品商标和服务商标、集体商标和证明商标两个方面来讨论商标注册申请人的主体资格问题。
商标注册申请是民事法律行为，其行为的结果是申请人获得该类注册商标的所有权，其权利主体除了应当具备申请商标注册的民事权利能力和民事行为能力外，还应具有作为现实的商标权人的资格。
商标权人对该注册商标享有占有、使用、收益、处分的专用权利。
商标权人行使商标专用权利是以如下方式行使的：在生产、加工、制造商品的或者提供服务的民商事活动中直接使用该注册商标或者允许他人在进行以上民商事活动中使用该注册商标，或将该注册商标转让取得收益。
然而，机关法人由于其主要职责是行政管理，除行政合同外，法律不允许其从事经营性的民商事活动，因此行政机关法人没有独立从事民商事活动的行为能力，也就不可能作为现实的商标权人行使商标的所有权。
限制行政机关法人申请商品商标和服务商标是合理且必要的。
行政机关行使的是社会行政事务管理权，属于公权利机关，公权力的力度大于私权利。
如果允许其注册商标并且在进行民商事活动使用该注册商标的话，相对于民事主体来说，他们的交易地位明显处于强势。
这样既不利于市场经济的平等竞争经营法则，也违背了民法的公平原则。
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